开展农村黑臭水体治理是贯彻党中央、国务院关于打好农业与农村污染防治攻坚战的决策部署，落实《农村人居环境整治三年行动方案》提出的逐步消除农村黑臭水体要求的具体行动。受生态环境部土壤生态环境司委托，环科院流域中心作为技术支撑单位，全面支撑农村黑臭水体治理工作的开展。流域中心在编制完成《关于推进农村黑臭水体治理工作的指导意见》的基础上，又编制了《农村黑臭水体治理工作指南（试行）》，经过实地调研、座谈研讨、多方征求意见，反复修改完善，于2019年11月7日生态环境部以《关于印发<农村黑臭水体治理工作指南（试行）>的通知》（环办土壤函〔2019〕826号）的形式正式发布。

该指南是农村黑臭水体治理工作的操作性文件，规定了农村黑臭水体排查范围、识别标准，对农村黑臭水体治理工作流程、治理方案编制、治理技术选择、治理效果评估与考核提出明确要求，为农村黑臭水体治理提供具体的技术指导。流域中心将继续跟进相关工作，紧紧围绕生态环境部农村黑臭水体管理需求和地方政府需求，推进试点示范工作和地方指导。