以我国湖泊生态环境问题为导向，开展湖泊污染过程及防治、富营养化与生态退化的环境效应与修复、流域规划管理等理论与技术研究，支撑国家湖泊环境管理与决策；是湖泊水污染治理与生态修复技术国家工程实验室的核心依托单位，拥有两个国家环境保护重点实验室，是科技部的良好湖泊创新团队的核心单位。