2018年4月27日，生态环境部党组（扩大）会议决定，依托中国环境科学研究院，联合国内优势科研单位，按照 "1+X" 模式组建国家长江生态环境保护修复联合研究中心（长江中心），作为联合研究的具体执行与实施机构，负责制订联合研究方案与工作计划并组织实施、制定中心各项管理制度、监督与考核中心各成员单位任务完成情况。

长江中心以中国环境科学研究院为主要依托单，位按照“资源共享、优势互补、自愿合作、动态调整”的原则，联合生态环境部系统科研单位、高等院校、中国科学院、行业科研院所、大型企业等多家优势单位组成。中国环境科学研究院作为主要依托单位，需提供必要的办公、财务、人员等条件保障，做好联络、支撑、服务工作。各共建单位必须是拥有相关研究优势，且具有较强科研能力和条件、研究基础，运行管理规范，具有独立法人资格的科研院所、高等院校、大型企业等，对任务的完成及实施效果负责。联合研究管理办公室将与共建单位签订协议，明确各方权责利。