中国水利水电科学研究院水环境研究所于2000年正式组建，其前身是1984年国家科委批准成立的水利部水质试验研究中心。研究所同时是水利部水环境监测评价研究中心和水利部水质监督检验测试中心，也是流域水循环模拟与调控国家重点实验室、水利部水资源与水生态工程技术研究中心、湖泊水污染治理与生态修复技术国家工程实验室和水环境污染监测先进技术与装备国家工程实验室的组成单位。

研究所学科方向为水环境与生态，设置有水环境学的硕士、博士点。研究所以生态文明建设的重大国家需求为导向，以建立流域水资源保护与河湖健康保障理论与技术体系为指引，以人类重度扰动及气候变化条件下的流域水环境及水生态过程机理与分析方法为主要建设方向和学科特色，面向流域水功能区水质达标管理、流域水污染防治、水工程环境影响与生态调度、河湖健康评估与生态修复、饮水安全保障等流域水资源保护管理与水生态保护与修复工程实践，开展基础理论、重大工程关键技术和自主技术创新研究，为国家和行业提供技术支撑。

通过30多年的努力，研究所逐步建设成为全国水功能区达标考核技术总中心，水利行业水质监测评价技术总平台，水利行业河湖健康评价、水生态保护和修复技术总支撑。研究所负责编写《水资源公报》（水质部分）、《水资源质量年报》等。持有环境影响评价甲级资质证书《国环评证甲字1024号》，是国家认证认可监督管理委员会批准的国家检验检测机构资质认定合格单位，是水利部门标准物质研制的唯一基地，具有向社会提供实验用标准物质的资质，其中国家一级和二级标准物质共75种。向社会提供环境影响评价、水土保持方案编制、流域及区域环境保护规划、水资源保护规划、环境管理信息化建设、水质分析标准样品、水质水生态委托监测评价、水生态修复等各类环境咨询服务。

研究所现有职工60人，其中教授级高级工程师22人，高级工程师26人，博士49人，硕士10人。共设置9个专业研究室：水环境监测与标准化、水生态健康评价与保护、水环境模拟与调控、水环境管理与规划、水工程生态影响评价与调控、河流生态保护与修复、湖库与饮用水安全、地下水环境保护与修复、城市水环境研究室。