国际合作中心，是环科院开展国际交流与合作的窗口。本着利用优势互补实现多赢格局的原则，国际合作中心放眼全球环境科技前沿，积极推动环科院与世界顶尖生态环境科研机构、院校和国际组织开展了广泛且深入的国际合作与交流。合作伙伴遍及五大洲，共签署院级合作协议55个。在生态环境保护基础研究、生态环境管理科技支撑、以及应用技术开发等方面与国际合作伙伴开展了信息共享、联合科研、人才培养、技术推广、科研能力建设及技术培训等方面的交流与合作。同时，通过“一带一路”和南南合作，积极推动环保领域科研成果和治理经验“走出去”。
环科院目前拥有国际合作平台31个，涉及大气、水、生态、环境健康、土壤、机动车、清洁生产、气候变化等多个领域。建有中英环境政策与技术合作中心、中德地下水合作中心、中韩环境合作中心、环科院与国际生物多样性中心农村生物多样性中心等合作机构。成立了由来自全球13个国家和1个国际组织的共36位世界顶尖生态环境保护领域专家学者构成的国际科技顾问委员会。通过不断促进环科院围绕国家生态环境保护重大战略问题和全球性生态环境问题开展前瞻性和开拓性的国际科研合作、交流及技术示范，加强科研队伍建设、提升科研水平，促进学科发展，培养具有国际视野的优秀人才，逐步实现将环科院建设成国际一流的生态环境科研机构的发展目标。
每年邀请大批世界一流学者来环科院开展科研合作、学术演讲或参加学术会议，并接待很多国家和国际组织的政要及跨国公司高管前来访问、交流。并且，通过“一带一路”建设和南南合作等渠道加强与其他发展中国家合作，促进国家良好生态环境理念与技术的推广。
国际合作中心主要职责包括：全面协调环科院服务于国家生态环境保护管理决策的国际合作支持工作；统筹协调院级国际合作的开展；组织搭建与世界顶尖科研机构和国际组织的合作平台建设，推动形成具有环院特点的科技竞争优势；负责组织申请、开展大型国际合作项目；参与“南南合作”和绿色“一带一路”建设，通过开展培训和示范项目向其他发展中国家推介我国生态环保领域的成功经验、技术与设备；开展对外宣传，讲好中国生态环保故事；负责院外事管理和国际合作日常管理。
